Μεγάλη επιτυχία αποτελεί η πρόκριση και των τεσσάρων τμημάτων (1999, 2000, 2001, 2002) της Ακαδημίας ποδοσφαίρου του Πανδραμαϊκού, στους τελικούς των κατηγοριών τους. Η διάκριση αυτή δεν ήταν αυτοσκοπός για τους υπεύθυνους της Ακαδημίας του Πανδραμαϊκού, όμως αποτελεί σαφή απόδειξη της καλής δουλειάς που γίνεται σε όλα τα επίπεδα από τον Γιάννη ΛΥΜΠΕΡΙΔΗ και τους συνεργάτες του.
Η ακαδημία ποδοσφαίρου του Πανδραμαϊκού, από την ίδρυση της μέχρι σήμερα ανέδειξε δεκάδες ποδοσφαιριστές που στελέχωσαν και στελεχώνουν μέχρι σήμερα τις σημαντικότερες ομάδες στην Δράμα αλλά και πέρα από αυτή.
Η Ακαδημία Ποδοσφαίρου του Πανδραμαϊκού, λειτουργεί απο το 2002, με πρώτο προπονητή τον Γιώργο ΑΜΠΡΙΚΙΔΗ και διοικητικό υπεύθυνο αρχικά τον αείμνηστο Γιάννη ΚΑΝΕΛΟΠΟΥΛΟ. Το 2004 τεχνικός υπεύθυνος ανέλαβε ο Πασχάλης ΔΗΜΑΡΙΔΗΣ και διοικητικός ο Παναγιώτης ΕΥΘΥΒΟΥΛΗΣ. Η περαιτέρω ανάπτυξη της Ακαδημίας επιτεύχθηκε το 2005, με την λειτουργία των ιδιόκτητων αθλητικών εγκαταστάσεων του Πανδραμαϊκού, στον Μυλοπόταμο Δράμας.